Как так? Я представляю, что было бы, если бы все так делали Я не знаю, каким образом Вы используете cl-pdf, но я загружаю эту библиотеку в "сервер приложений", в который загружается большое количество пакетов (около сотни). Конечно, между ними много зависимостей. И многие библиотеки имеют общие зависимости. Это нормально и, как мне кажется, большинство разработчиков принимают такое положение вещей. Конечно, версии всех пакетов должны быть согласованы между собой. Но это, по большей части, проблема разработчиков дистрибутива (в Windows, это, разумеется, Ваша проблема). Так что, я продолжаю склоняться к мысли, что такой подход есть следствие используемой платформы.
Как бы там ни было, в итоге я просто создал git-репозиторий, который синхронизируется с subversion и в который я внёс (вношу) нужные мне изменения: разные излишества, например, поддержку salza2 и zpb-ttf